Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela douze ans,Kyûbi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki. Le quatrième Hokage se sacrifia ainsi pour sauver le village de Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraine dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclus dans une équipe de trois, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jônin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.
Suite à quelques missions, Kakashi considère les membres de son équipe prêts à devenir chûnin. Ce niveau, entre celui de genin et celui de jônin, leur permettra d'accomplir des missions de plus grande importance. Cependant, un criminel exilé du village nommé Orochimaru interrompt l'examen pour détruire Konoha. Son arme principale pour cette opération est un jeune homme, Gaara, qui possède comme Naruto un démon. Naruto, aidé par ses amis, réussira à le vaincre, et le village sera sauvé grâce au sacrifice du troisième Hokage.
L'organisation criminelle Akatsuki profitera du chaos résultant pour s'infiltrer dans le village, et deux de ses membres, Itachi Uchiwa et Kisame Hoshigaki, tenteront de kidnapper Naruto. Sasuke, le frère d'Itachi, essaie sans succès de l'en empêcher. Naruto sera sauvé par Jiraya, et devra en échange l'aider à retrouver la seule personne pouvant combler efficacement le poste d'Hokage: Tsunade. Elle est médecin, et la troisième membre de l'équipe des trois ninjas légendaires de Konoha autrefois formée par elle, Jiraya et Orochimaru. Ce dernier, la recherchant également pour se faire guérir suite à son coup d'état, affrontera une nouvelle fois ses anciens camarades et Naruto.
En revenant au village, Naruto est confronté par Sasuke, qui se pense encore une fois inférieur, et qui quitte alors Konoha pour rejoindre Orochimaru pour acquérir la force nécessaire à vaincre Itachi et ainsi venger la destruction de son clan. Naruto tente de l'en empêcher, mais suite à son échec partira aussi s'entraîner avec Jiraya.
La seconde partie de Naruto commence deux ans après, suite aux entraînements de Naruto et ses amis, alors que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippūuden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke.
Les Scans:
(Si il y a le moindre soucis faites le moi savoir)
( Pour les numéros de chapitre je suis pas sur a 100%, je rectifierais sa)
Tome 1: Chapitre 1 à 9
Tome 2: Chapitre 10 à 19
Tome 3: chapitre 20 à 29
Tome 4: Chapitre 30 à 39
Tome 5: Chapitre 40 à 49
Tome 6: Chapitre 50 à 59
Tome 7: Chapitre 60 à 69
Tome 8: Chapitre 70 à 79
Tome 9: Chapitre 80 à 89
Tome 10: Chapitre 90 à 99
Tome 11: Chapitre 100 à 109
Tome 12: Chapitre 110 à 119
Tome 13: Chapitre 120 à 129
Tome 14: Chapitre 130 à 139
Tome 15: Chapitre 140 à 149
Tome 16: Chapitre 150 à 159
Tome 17: Chapitre 160 à 169
Tome 18: Chapitre 170 à 179
Tome 19: Chapitre 180 à 189
Tome 20: Chapitre 190 à 199
Tome 21: Chapitre 200 à 209
Tome 22: Chapitre 210 à 219
Tome 23: Chapitre 220 à 229
Tome 24: Chapitre 230 à 239
Tome 25: Chapitre 240 à 249
Tome 26: Chapitre 250 à 259
Tome 27: Chapitre 260 à 269
Tome 28: Chapitre 270 à 279
Tome 29: Chapitre 280 à 289
Tome 30: Chapitre 290 à 299
Tome 31: Chapitre 300 à 309
Tome 32: Chapitre 310 à 319
Tome 33: Chapitre 320 à 329
Tome 34: Chapitre 330 à 339
Tome 35: Chapitre 310 à 349
Tome 36: Chapitre 320 à 359
Tome 37: Chapitre 330 à 369
Tome 38: Chapitre 340 à 349
Tome 39: Chapitre 350 à 359
Tome 40: Chapitre 360 à 369
Tome 41: Chapitre 370 à 379
Tome 42: Chapitre 380 à 389
Tome 43: Chapitre 390 à 400
Tome 44: Chapitre 401 à 409
Tome 45: Chapitre 410 à 420
Tome 46: Chapitre 421 à 429
Tome 47: Chapitre 430 à 439
Tome 48 (pas fini): Chapitre 440 à 442